Mùa xuân năm 334 TCN, người thừa kế của Philip, Alexandros đại đế đã tự cho mình là người lãnh đạo của liên minh Corinth, xâm chiếm Tiểu Á.ở vị trí lãnh đạo của một đội quân hỗn hợp gồm người Macedonia và Hy Lạp. Cuộc xâm lược này, đánh dấu sự khởi đầu các cuộc chiến tranh của Alexander Đại đế, được tiếp nối ngay lập tức bởi chiến thắng của Alexander trước người Ba Tư tại Trận Granicus. Darius đã không để ý trận đánh, bởi vì không có lý do để ông ta nghi ngờ rằng Alexander dự định chinh phục toàn bộ châu Á, và Darius cũng có thể có nghĩ rằng các tổng trấn nhỏ có thể đối phó với cuộc khủng hoảng,[4] nên ông đã quyết định thay vì tham chiến mà ở lại cung điện của Persepolis và để cho các tổng trấn của ông xử lý việc đó.

Darius đã không tham gia chống lại quân đội của Alexander cho đến một năm rưỡi sau trận Granicus, trong trận Issus trong năm 333 TCN.Lực lượng của ông nhiều hơn của binh sĩ của Alexander ít nhất là tỉ lệ 2-1, nhưng Darius vẫn bị đánh ngang sườn, đánh bại, và bị buộc phải bỏ chạy. Nó được kể lại bởi Arrian rằng trong trận Issus thời điểm cánh trái Ba Tư đã bị chia làm từng mảnh bởi sự tấn công của Alexander và Darius, đang đứng trong chiến xa của mình, thấy rằng nó đã bị chia cắt, ngay lập tức ông ta bỏ chạy - thực sự, ông ta đã thoát được về an toàn[5] Trên đường đi,. ông ta vứt lại phía chiến xa của mình, cung tên của ông ta, và áo choàng hoàng gia của ông, tất cả đều được sau đó đều được nhặt bởi Alexandros. Các nguồn Hy Lạp như Thư viện Lịch sử của Diodorus Siculus và của Justin là Epitoma Historiarum Philippicarum kể lại rằng Darius chạy trốn khỏi sự sợ hãi ở trận Issus và một lần nữa hai năm sau đó ở trận Gaugamela mặc dù chỉ huy một lực lượng lớn hơn trong vị trí phòng thủ ở mỗi lần.